“He escogido este templo y lo he consagrado, para que siempre lleve mi Nombre.”
(2Cr 7,16)


En el año 1243 Novelda es reconquistada definitivamente por los ejércitos cristianos de Castilla, pasando a formar parte, hasta el año 1252, del Reino de Murcia. Y siguiendo la costumbre de los cristianos, la mezquita principal del enclave musulmán es demolida y en su lugar se construyó la primera iglesia de Novelda, bajo la advocación de La Natividad de Nuestra Señora Santa María.
Después de la conquista del Reino de Murcia por las tropas aragonesas de Jaime II se firma el Pacto de Torrellas-Elche, en 1305, con lo que Novelda pasa definitivamente a pertenecer al Reino de Valencia, de la Corona catalano-aragonesa.
A partir del siglo XVI Novelda aumenta considerablemente su población de cristianos, nuevos colonos e hijos de los primeros nacidos ya en el lugar , por lo que en el año 1553, quedándose pequeña la antigua parroquia de La Natividad, se comienza la construcción del actual templo de San Pedro Apóstol. Por el empuje de la mayoría cristiana, en 1565, los moriscos de la villa son obligados a bautizarse en la pila bautismal de la iglesia, aún sin concluir.
En 1602 se dan por terminadas las obras previstas, celebrándose en la flamante parroquia el Sacramento de la Confirmación por el Obispo de Orihuela Joseph Esteve. El templo ocupaba una superficie de unos 370 m2, con nave principal con ocho capillas, baptisterio junto a la puerta principal, Altar Mayor y sacristía. Toda la fábrica la terminó el arquitecto Joseph Bernabeu, incluido el campanario, que se terminó de coronar en 1605.
Cuatro años más tarde, en 1609, los moriscos de Novelda son definitivamente expulsados, quedando la población reducida a la mitad, menos de 2000 habitantes. Este descenso demográfico se vio agravado durante todo el siglo XVII por constantes epidemias y sequías. Esto es paradójico, pues la nueva iglesia se construyó por el aumento de habitantes y cuando se concluyen las obras, precisamente, la población cae drásticamente y no se empieza a recuperar hasta el siglo siguiente.
En 1635 se concluye el retablo del Altar Mayor, obra de Antonio Torreblanca, rematado por una talla del titular, San Pedro, del escultor Antonio López.
En el siglo XVIII, con un nuevo aumento demográfico espectacular que lleva a la villa a casi 8000 habitantes, se decide agrandar la iglesia, prolongando la nave con el crucero y retrasando el Altar Mayor hasta el remate de la cruz. A ambos lados del presbiterio se sitúan dos medias naves laterales, con nueva sacristía e instalaciones. Asimismo, se añade la capilla de La Aurora en el lado de la Epístola del brazo del crucero y se embellece la puerta principal con la portada barroca. Todas estas obras fueron realizadas por Francisco Aznar y se concluyeron en 1742.
En 1778 el Obispo José Tormo crea el Cuerpo Clerical de la parroquia con veintiuna plazas de eclesiásticos.
En 1906 el campanario sufre peligro de derrumbe, y es demolido y reinaugurado uno de nueva planta en 1910, obra de Francisco López.
En 1936 el interior del templo fue expoliado y destruido y se utilizó como almacén y garaje. Fue reconstruido de nuevo al finalizar la Guerra Civil.